Rodolphe Töpffer naît le 31 janvier 1799 à Genève. Il est le fils du peintre Wolfgang-Adam Töpffer (1766-1847) et de Jeanne Antoinette Counis (circa 1771-1845). Encouragé par son père, il entreprend des études à l'Académie de Genève tout en s'adonnant avec talent à sa passion : le dessin. Atteint d'une affection oculaire sévère, il est rapidement contraint de renoncer à une carrière de peintre. Il choisit dès lors de se consacrer à l'enseignement et parachève, entre 1819 et 1820, sa formation littéraire à Paris. De retour à Genève, Rodolphe Töpffer décroche une position de sous-maître dans le pensionnat du pasteur Jean Heyer.
Au mois de novembre 1823, il épouse Anne Françoise Moulinié (dite Kity) (1801-1857) avec laquelle il aura six enfants: Jacques Antoine et Adam François (jumeaux morts en bas âge), Adèle Françoise (1827-1910), François (1830-?), Charles (1832-1905) et Esther (1839-1909). En 1824, après deux années de collaboration, Rodolphe Töpffer quitte la pension Heyer et ouvre son propre pensionnat, place Maurice à Genève. Il y organise pour ses élèves - comme du temps de la pension Heyer - de grandes excursions à pied en Suisse, en Savoie ou en Italie. Il ramène de ces escapades albums et croquis qui formeront la matière des "Voyages en zig-zag". Durant ces années-là, Rodolphe Töpffer produit aussi ses premières histoires en estampes comme "L'Histoire de M. Vieux-Bois" (1827) ou "Le Docteur Festus" (1829) et il compose des pièces de théâtre circonstancielles qu'il fait jouer par ses élèves.
A partir de 1832, Rodolphe Töpffer publie régulièrement récits et nouvelles dans la revue "La Bibliothèque universelle". Ce sont notamment : "La Bibliothèque de mon oncle" (1832), "L'Héritage" (1834), "Elisa et Widmer" (1834) ou "Le Presbytère" (1839). Il rédige aussi essais et articles consacrés à la peinture et à la littérature, dont notamment la série de douze opuscules: "Réflexions et menus propos d'un peintre genevois" (dès 1830 puis parution en recueil de manière posthume en 1848). Mais il est aussi l'auteur d'articles engagés.
En effet, actif en politique depuis 1834 déjà, il participe pleinement au débat genevois autour de la Constituante (1841-1843). Pendant ces années, il collabore au journal conservateur le "Courrier de Genève".
La notoriété de Rodolphe Töpffer va grandissante; parution d'une étude de Sainte-Beuve à son propos dans la "Revue des deux mondes" (1841), publication des "Voyages en zigzag" chez l'éditeur parisien Dubochet (1844), publication des "Nouvelles genevoises" (1845) chez l'éditeur parisien Charpentier, mais aussi publication de "Monsieur Cryptogame" (1845) dans une revue française. En effet, alors même que sa santé se détériore, et cela malgré des cures à Lavey et à Vichy, il continue à écrire et à publier. L"Essai de Physiognomonie" - dans lequel il théorise la littérature en estampes - paraît en 1845 et prend l'air d'un testament artistique. Cette même année, Rodolphe Töpffer vend son pensionnat. Il décède le 8 juin 1846, à Genève.
Un monument est érigé en 1879-1880 dans la rue et le square qui porte son nom dans le quartier des Tranchées.