Edouard Naville fait ses études à l'académie de Genève, puis au King's College de Londres, à Bonn, Paris et à Berlin auprès de l'égyptologue Karl Richard Lepsius (1861-1868).
Il visite l'Egypte en 1868-1869 dont le temple d'Edfou, où il copie les textes hiéroglyphiques et les publie sous le titre "Textes relatifs au mythe d'Horus (1870). Il mène des campagnes de fouilles dans le delta du Nil pour la Société d'exploration de l'Egypte, puis dans la nécropole de Thèbes où il met à jour le grand temple de Deir el-Bahari. Il publie le "Livre des morts" (1886).
Il est ensuite professeur d'égyptologie à l'Université de Genève (1891), puis d'archéologie (1902), professeur honoraire (1919). Il est correspondant (1893), puis associé étranger de l'Académie des Inscriptions et belles-lettres (1908) et associé étranger à l'Institut de France.
Il est élu maire de Genthod (1900-1914) et président ad intérim du Comité international de la Croix-Rouge (1917-1919). Il est fait commandeur de la Couronne d'Italie et officier de la Légion d'honneur. Ses publications, notamment le "Livre des morts", et ses fouilles pendant de nombreuses années en Egypte le place au premier rang des égyptologues de son époque.