Au cours des années 1870, les milieux des industries d'art genevois décident de créer leur propre musée. Celui-ci devait être primitivement un musée industriel. En 1884, un vote du Conseil municipal charge l'Exécutif de la Ville de fonder un Musée des Arts décoratifs. Ce dernier se limite aux produits ouvrés exclusivement. Aménagé à l'Ecole d'horlogerie, installée depuis 1879 à la rue Necker, dans le quartier de Saint-Gervais, il ouvre ses portes le 2 novembre 1885. Jusqu'en 1920, la direction du musée est assurée par Georges Hantz, un graveur-ciseleur réputé.
Les objets conservés dans le nouveau musée concernent les travaux du bois, du métal, de la pierre, de la terre (céramique), des émaux ainsi que ceux des textiles et tissus. Il est également doté d'une bonne bibliothèque et d'une collection d'estampes composée d'environ 80'000 pièces.
En 1910, les collections des Arts décoratifs sont intégrées au nouveau Musée d'Art et d'Histoire qui vient d'être inauguré. En 1921, intervient une modification du règlement du Musée des Arts décoratifs conduisant à la nomination d'un conservateur, M. Antoine Dufaux qui remplace l'ancien directeur et exercera ses fonctions jusqu'en 1936. Cette même année, les objets d'art appliqué du Musée Ariana sont transférés au Musée d'Art et d'Histoire.
En 1944, suite à une décision du Conseil administratif, le petit musée de l'école d'horlogerie (rue Necker) est transporté au Musée d'Art et d'Histoire pour y être réuni à ses collections horlogères. Les collections d'horlogerie peuvent s'épanouir à partir de 1972 dans une villa du milieu du XIXe siècle, sise à la route de Malagnou, sous le nom "Musée de l'horlogerie et de l'émaillerie".